Der Unterricht an der Musikschule und der Musikschule der Schola Cantorum Basiliensis bietet insgesamt eine umfassende und qualitativ hochstehende musikalische Ausbildung im allgemeinbildenden, nicht berufsausbildenden Bereich. Der Unterricht richtet sich an die gesamte Bevölkerung ungeachtet der Lernvoraussetzungen und der musikalischen Vorbildung. Er wird vor allem von Kindern und Jugendlichen genutzt und steht auch Erwachsenen offen.
Inhaltliche Zielsetzung ist das Erlernen des praktischen Ausübens sowie des vertieften Verstehens von Musik unterschiedlichster Stile und Gattungen: von der Alten Musik bis zur Neuen Musik, Pop, Jazz, Computermusik und aussereuropäischer Musik; vom solistischen Spiel bis zu Orchester, Chor, Bewegung, Tanz, Improvisation und Komposition.
Da der Unterricht Teil der Allgemeinbildung ist, unterhalten die Musikschulen der Musik-Akademie im Bereich der jugendlichen Schüler/innen auch partnerschaftliche Beziehungen mit den öffentlichen Schulen und stimmen ihr Angebot in Kooperationsmodellen eng mit diesen ab.
Mit weit über 200 öffentlichen Schulveranstaltungen pro Jahr erreichen die Musikschulen der Musik-Akademie ein grosses Publikum und leisten damit einen gewichtigen Beitrag zum kulturellen Leben der Stadt Basel.